Βρίσκεται στην είσοδο του ενετικού λιμανιού, ώστε να προστατεύει το λιμάνι του Ηρακλείου και μαζί με το Κάστρο του Παλαιοκάστρου τον κόλπο της Αμμουδάρας από τις εισβολές και τις αποβάσεις άλλων κατακτητών.
Αρχικά οι Ενετοί κατασκεύασαν ένα πύργο, αλλά κρίθηκε ανεπαρκής, ενώ οι ζημιές από το σεισμό του 1303 δεν επισκευάστηκαν επαρκώς, με αποτέλεσμα να κατεδαφιστεί το 1523 ώστε στην θέση του σχεδιάστηκε να κατασκευαστεί ένας μεγαλύτερος πύργος. Το καινούργιο οικοδόμημα αποκτά τη τελική του μορφή ανάμεσα στο 1523-1540. Οι εργασίες διακόπτονταν το χειμώνα λόγω των δυσμενών καιρικών συνθηκών. Στη συνέχεια δέχθηκε αλλεπάλληλες επισκευές λόγω φθοράς από τη δράση των κυμάτων. Οι συνεχείς επισκευές συνέχισαν και μετά την κατάληψη του Χάνδακα από τους Τούρκους το 1669. Το 1719 τμήμα της βορειοδυτικής πλευράς του Κούλε κατέρρευσε, αλλά ξανά επισκευάστηκε. Παράλληλα λειτουργούσε ως φυλακή. Το 2000 έγιναν μέτρα υποστήριξης της νότιας πλευράς επειδή είχε σπηλαιωθεί από τη θάλασσα.
Το κτίριο
Το φρούριο κατασκευάστηκε με ογκώδεις δομούς που μεταφέρθηκαν από τα Φρασκιά και τη Ντία. Είναι διώροφο και κάλυπτε περίπου 3.600 τ.μ. Στο ισόγειο χωρίζεται σε 26 διαμερίσματα που χρησίμευαν κυρίως ως αποθήκες τροφίμων και πολεμοφοδίων, αλλά και ως κελιά φυλακής. Στον όροφο υπήρχαν δωμάτια για τους αξιωματικούς μαζί και φούρνος, μύλος και μια μικρή εκκλησία.
Φτερωτός λέων της Βενετίας
Στις τρεις πλευρές προς τη θάλασσα άνοιγαν θυρίδες για τα κανόνια που προστάτευαν το λιμάνι. Το 1630 υπήρχαν 18 κανόνια στο ισόγειο και 25 στον όροφο. Στη ΒΑ, Δ και Ν πλευρά εξωτερικά ήταν εντοιχισμένες μαρμάρινες ανάγλυφες παραστάσεις του φτερωτού λέοντα της Βενετίας που σήμερα σώζονται ακρωτηριασμένες.
Κατά την περίοδο της αιγυπτιακής κυριαρχίας στην Κρήτη (1830-1840), κατασκευάστηκε πάνω στη βορειοανατολική γωνία του Κούλε ένας φάρος. Το 1930 προστίθενται στο φάρο τσιμεντένια υποστυλώματα. Ο φάρος καταστράφηκε στον Β΄Παγκόσμιο Πόλεμο, αλλά επανακατασκευάστηκε και συνέχισε να λειτουργεί μέχρι το 1960, όταν ανακαινίστηκε και αφαιρέθηκαν τα τσιμεντένια υποστυλώματα.
Σήμερα ο Κούλες είναι επισκέψιμος, ενώ χρησιμοποιείται και για πολιτιστικές εκδηλώσεις. Ανά περιόδους εκτελούνται εργασίες αναστήλωσης και το φρούριο μένει κλειστό για το κοινό.
